Die Basilikata ist ein wasserreiches Land. Insgesamt gibt es fünf Flüsse: den Bradano, Basento, Cavone, Agri und Sinni. Sie alle münden ins jonische Meer im Südosten der Region. Ihre Flussbetten stehen der mittleren Quantität des geführten Wasser proportional entgegen, können allerdings bei den seltenen Hochwassern durchaus ganz gefüllt sein. Im Norden bildet der Ofanto die Grenze zu den Nachbarregionen und fließt in die Adria, während im Südwesten der Noce ins tyrrhenische Meer mündet. Zudem gibt es künstliche Seen, wie den Lago S. Giuliano, den Lago Monte Cotugno und den Lago Pietra del Pertusillo. Geboren aus der Notwendigkeit zur Bewässerung, sind diese großen Becken echte Naturparadiese geworden. Nicht zu vergessen die natürlichen Seen, wie den idyllischen See Monticchio auf dem Vulture, den Laudemio auf dem Papa und den Rotonda an den Hängen des La Spina; die beiden letzteren sind eiszeitlichen Ursprungs. Unnötig zu sagen, dass mit den entsprechenden Dokumenten in allen Gewässern die Sportfischerei erlaubt ist. Es sind alles Flüsse, die in einigen Abschnitten noch rein sind und interessant für die Anhänger der Natur- und Tierbeobachtung.