La Basilicate est une terre riche en eaux. Les fleuves les plus importants qui la traversent sont le Bradano, le Basento, le Cavone, l'Agri et le Sinni. Ils se jettent tous dans la mer Ionienne, au sud-est de la région, après avoir suivi des parcours longs et tourmentés. Leurs lits sont disproportionnés par rapport à la quantité moyenne de leurs eaux mais, lors des rares crues, ils les contiennent à peine. Au nord, l'Ofanto délimite les régions limitrophes et se jette dans l'Adriatique, tandis qu'au sud-est, le Noce afflue dans la mer Tyrrhénienne. Parmi les principaux lacs arficiels, citons le lac de San Giuliano, le lac de Monte Cotugno et celui de Pietra del Pertusillo. Nés des besoins d'irrigation, ces bassins sont devenus de véritables paradis naturels. Enfin, parmi les lacs naturels, les sublimes lacs de Monticchio, sur le mont Vulture, le lac Laudemio, sur le mont Papa, et le lac de Rotonda, sur le flanc du mont La Spina (ces deux derniers sont d'origine glaciaire). Inutile de préciser que quiconque muni d'un permis peut pêcher dans toutes ces eaux. Le long des cours d'eau l'on rencontre encore des zones intactes, idéales pour l'observation de la nature et de la faune.